Ruimtelijke genexpressie voorspellen vanuit standaard microscopie
Een nieuwe methode genaamd SpaFactor voorspelt ruimtelijke genexpressie uit histologische afbeeldingen. De techniek houdt rekening met de biologische samenhang tussen genen binnen weefselstructuren.
Het in kaart brengen van genexpressie binnen weefselarchitectuur geeft waardevolle inzichten, maar de benodigde technieken zijn kostbaar en complex. Daarom wordt er gezocht naar alternatieven waarbij voorspellingen worden gedaan op basis van routinematig gemaakte microscopische opnames van gekleurd weefsel. Bestaande computermethoden beschouwen genen echter vaak als onafhankelijke losse waarden, waardoor de biologische context verloren gaat en modellen gevoeliger zijn voor ruis.
Biologische context
De gepresenteerde aanpak richt zich specifiek op het modelleren van genprogramma's met oog voor de ruimtelijke context. Hierdoor worden de onderlinge biologische relaties tussen genen beter meegenomen in de voorspelling. Dit moet leiden tot robuustere resultaten bij het analyseren van weefselmonsters.
Het combineren van beeldanalyse en genomica is een sterk groeiend vakgebied binnen de bio-informatica. Door kunstmatige intelligentie in te zetten voor dergelijke vertaalslagen, hopen onderzoekers dure en tijdrovende experimenten in de toekomst vaker te kunnen vervangen door snelle digitale analyses.
Deze samenvatting is gebaseerd op een origineel artikel van arXiv (cs.LG). Lees het volledige, originele bericht bij de bron.
Lees het originele artikel